システムエンジニアは技術職のため、一般の会社員よりも年収を高めに設定している会社が多く見られます。平均すると、年収はおよそ600万円だといわれています。ただ、システムエンジニアといっても大規模プロジェクトを取り扱う大手システム会社から、小規模のシステム開発やメンテナンスが中心の中小システム会社まであり、取引額に大幅な開きがあります。およそ600万円という年収は大手企業の数値のため、中小システム会社に勤務した場合には、もう少し低い場合もあります。ちなみに業界大手であるNTTデータのシステムエンジニア募集告知では、25歳の年収例として年収380万円、28歳の年収例として年収650万円という記載がみられます。

システム開発の現場では、ときに大規模なトラブルや作業の遅延が発生します。そうしたとき、経験とスキルのあるスペシャリストがいると早急に原因の追求やリカバリーが可能となるため、彼らは非常に重宝されます。そのため、腕に自信のある一部のシステムエンジニアは独立してフリーランスとして活躍しています。そうなれば、年収1000万円超えの高収入も可能となります。